導讀： 本期的文獻通譯是一篇關于生物樣品庫的專業(yè)文章。 生物樣品庫對現(xiàn)代生物醫(yī)學的發(fā)展， 尤其是生物標記物的開發(fā)和確認， 對于個體化醫(yī)療的推廣， 以及對于我們所關注的液體活檢領域的發(fā)展， 都起到了越來越多的支撐作用。 但是生物樣品庫也面臨著瓶頸， 最顯著的就是生物樣品庫種類繁多， 標準混亂。 本文闡述了建立生物樣品庫的過程， 它從方法學開始， 針對一個專一的癌癥病種，通過文獻、咨詢、協(xié)商和統(tǒng)計分析， 明確提出了采集樣品和數(shù)據(jù)的若干工具， 并參照地區(qū)、國家和國際的標準， 對新建的生物樣品庫的標準作出harmonisation， 就是協(xié)調標準以達共識。 生物樣品庫的規(guī)范化， 必然將其推向獨立發(fā)展的學科和業(yè)務領域， 值得陽普這樣的樣品專家的關注和跟蹤。 

原文出處

British Journal of Cancer (2017) 117, 485-493

作者

M Adishesh^1,2, A Fyson², S B DeCruze¹, J Kirwan¹, ENITEC Consortium, H M J Werner^3,4 and D K Hapangama*^,1,2

作者信息

Liverpool Women’s Hospital NHS Foundation Trust, Crown Street, Liverpool L8 7SS, UK; Department of Women’s and Children’s Health, Institute of Translational Medicine, University of Liverpool, Liverpool Women’s Hospital, Crown Street, Liverpool L8 7SS, UK; ³Department of Obstetrics and Gynaecology, Haukeland University Hospital, Jonas Liesvei 70, 50503 Bergen, Norway and 4Department of Clinical Science, University of Bergen, Bergen 5021, Norway

摘要

背景：子宮內膜癌是最常見的婦科癌癥，預計其發(fā)病率到2025年將上升50-100%，相關死亡率也將相應增加。生物學樣本的收集、處理和儲存過程中的是否一致會影響到科學數(shù)據(jù)的普遍性。本旨在協(xié)調與子宮內膜癌相關的生物樣本以及臨床數(shù)據(jù)的收集，并制定收集、處理和儲存子宮內膜癌生物樣本的標準操作程序。

方法：我們設計了通過三個共識輪次進行評估和修訂的研究工具，以獲得地方/區(qū)域、國家和歐洲的共識。修改的最終工具被傳播給代表子宮內膜癌研究的所有利益相關者的小組（n = 40），以達成共識。

結果：最終的共識表明與最小的手術和患者數(shù)據(jù)收集工具的一致同意。另外還有其他標準工具的高度一致意見。

結論：我們在這里介紹了所有子宮內膜癌研究人員可以免費使用的工具的最終版本。我們認為，這些工具將促進子宮內膜癌研究的快速進展，無論是在未來的合作還是大規(guī)模的多中心研究中。

背景介紹 

子宮內膜癌（EC）是發(fā)達國家女性生殖道最常見的癌癥，是乳腺癌、肺癌和結腸直腸癌后女性第四大常見癌癥（Ferlay等，2015）。在2014年，英國每天至少有6名婦女死于子宮內膜癌，同時有21名婦女被診斷患有子宮內膜癌。歐共體每年有9022例新發(fā)病例和2166例死亡病例（CRUK）。 EC的發(fā)病率迅速增加，預計到2025年將增加50-100％（Lindemann等，2010）。這種發(fā)病率的上升令人震驚，特別是由于死亡率相應上升（CRUK）。因此迫切需要更多地努力尋找新的預防，診斷，預后和治療目標，以降低與歐共體相關的高死亡率和發(fā)病率。傳統(tǒng)上，使用基于福爾馬林固定石蠟包埋組織的免疫組織化學，僅允許同時研究有限數(shù)量的蛋白質。雖然其他細胞系和動物研究已被應用于歐共體研究， 但是這些很少提供體內人體環(huán)境的完美模擬。因此，收集廣泛的不同患者標本（包括例如新鮮的冷凍組織，尿液，血液或唾液）的生物庫在為臨床相關科學發(fā)現(xiàn)提供有價值的患者材料方面起著至關重要的作用，也有助于快速翻譯基礎科學發(fā)現(xiàn)臨床實踐。

通過其特殊性質，存儲在生物樣本中的患者材料使研究EC的多個方面成為可能。隨著基因組學，蛋白質組學，表觀基因組學和代謝組學等新技術平臺的出現(xiàn)，這些技術平臺可以統(tǒng)一并同時應用于相同的患者樣本，以獲得最大限度的信息，這一點至關重要。預期這種全面的方法將大大減少新的基礎科學發(fā)現(xiàn)以新的治療方式接觸患者所花費的時間，并允許患者捐贈的樣品被充分利用。

生物樣本庫所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)的內部和外部的有效性取決于其質量，這顯然取決于嚴格標準在收集生物樣本和患者特征方面的使用。與收集，處理，存儲不同生物樣本和伴隨的表型和人口統(tǒng)計數(shù)據(jù)相關的變化使得極其難以推斷或合并來自不同研究的數(shù)據(jù)（Tworoger和Hankinson，2006; Ransohoff和Gourlay，2010）。國家癌癥研究所（NCI）認為缺乏質量標準和統(tǒng)一性是癌癥研究的障礙（NCI最佳實踐，2011年生物世界資源）。標本和數(shù)據(jù)收集中的不規(guī)則性和不相似性所引起的不可逆轉的偏見得到許多人的認可，許多國際組織和機構正在努力克服這一點（Morente等人，2007年;國際生物與環(huán)境儲存學會，2008年; Yuille等，2008; Vaught and Lockhart，2012）。

鼓勵優(yōu)化可用于癌癥研究的資源的生物樣品庫NCI最佳實踐指南（NCI Best Practices for Biospecimen Resources，2011年，2016年）廣泛提及與捐贈者或樣本收集/處理相關的預分析變量的有限列表。從而有效提高了涉及生物樣本的研究的整體意識和質量。

雖然這是一個重要的開始，但許多參數(shù)和變量，包括生物樣本和臨床數(shù)據(jù)的選擇，都是癌癥型特異性的。因此，普遍的生物網(wǎng)路化標準不一定適用于每種癌癥類型，并且應適應于每種特定疾病。癌癥基因組圖譜（Kandoth et al，2013）強調了癌癥特異性協(xié)調生物樣品庫業(yè)標準的重要性，該基因組圖譜現(xiàn)在包含超過532個具有RNA測序，拷貝數(shù)變異，蛋白質組學，突變和微陣列數(shù)據(jù)的ECO樣品。然而，這些樣本和數(shù)據(jù)集中大部分的臨床數(shù)據(jù)非常有限，嚴重影響了研究人員繪制臨床適用信息的能力。

因此，EC特異性標準化采集具有獨特和相關的臨床數(shù)據(jù)集的生物樣本是改善未來EC研究的根本未滿足的需求。我們相信，這將有助于未來對EC的大規(guī)模國際合作研究，這可能導致改進的生物標志物和靶標治療發(fā)現(xiàn)。子宮內膜異位癥 - 世界子宮內膜異位癥研究基金會子宮內膜異位癥和生物樣品庫協(xié)調項目和卵巢癌研究計劃（Wiegand et al，2010; Heravi-Moussavi et al，2012; Fassbender et al， 2014; Rahmioglu等，2014; Vitonis等，2014）。

有了這個背景，我們開始了研究（Harmanization of biobAnking Standards in Endometrial caNcer research -  HASTEN），以達成EC研究人員的共識;規(guī)范所有相關生物樣本的收集，處理和儲存;以及通過與患者，外科醫(yī)生/醫(yī)師/病理學家和生物工程人員的共同努力進行EC研究的隨附臨床數(shù)據(jù)。我們旨在制定標準：標準操作程序工具，最小和標準數(shù)據(jù)集將定期更新，并普遍適用于EC的未來研究人員。

材料和方法

        流程圖總結了用于設計HASTEN中最終工具的方法（圖1）。我們使用修改后的德爾福系統(tǒng)來分析和確認最終的共識。

我們的生成初始工具的過程起始于文獻檢索。我們使用關鍵詞“子宮內膜癌”，“危險因素”，“介紹年齡”，“平等”，“絕經(jīng)狀態(tài)”，“二甲雙胍”，“孕激素或曼月樂”，“激素替代療法” '多囊卵巢綜合征'，'他莫昔芬'，'腸癌'，'結腸直腸癌'，'乳腺癌'，'糖尿病'，'高血壓'，'種族'，'人體測評'，'吸煙' “子宮內膜”，“血液或血漿或血清”，“唾液”，“尿”，“子宮內膜液”，“腹膜液”，“生物樣品庫最佳實踐”組織病理學標志物，“結果” '，“組織，血液和體液的實驗室處理程序”，“生物分類標準”，“收集組織、液體、血液、唾液、尿液的SOP”，用以上的關鍵詞搜索了Scopus，Discover和PubMed數(shù)據(jù)庫。文獻搜索僅限于過去10年發(fā)表的研究。在初步搜索中確定的3464篇論文中，根據(jù)以下納入標準，選擇了413篇文章進行進一步的詳細審查：

（1）調查上述因素如何影響個人發(fā)展EC風險的論文。

（2）提出標準操作程序（SOP）或收集，儲存和加工不同組織或液體的最佳做法的出版物。

（3）只有英文的論文。

（4）可通過所有可用資源向作者提供論文（例如，利物浦婦女醫(yī)院（LWH），利物浦大學，英國醫(yī)學協(xié)會或皇家婦產(chǎn)科學院的在線資源或圖書館設施。

我們進一步對這些選定論文中引用的相關手稿進行手動搜索，并從大型生物解毒劑中進行相關指導。

工具的進一步開發(fā)

首次當?shù)刈稍儭＠锲值漠數(shù)貓F隊由四名外科婦科腫瘤學小組成員組成，四名麥克米倫臨床癌癥護士專家，兩名對EC研究感興趣的臨床學者，兩名病理學家，兩名生物工作人員和一名醫(yī)學生，開發(fā)出三種形式患者數(shù)據(jù)收集工具，手術數(shù)據(jù)收集工具，生物樣本表格）和標準手術程序。這些形式和SOP基于：（a）文獻搜索中收集的信息; （b）由

考慮到LWH /利物浦大學生物庫中已經(jīng)使用的形式，用于收集EC研究中的生物樣本和數(shù)據(jù)。利物浦婦女醫(yī)院是婦科癌癥的高等轉診區(qū)域癌癥中心，是柴郡和默西塞德戰(zhàn)略臨床網(wǎng)絡的一部分，為240萬人口提供服務。默西塞德郡和柴郡癌癥網(wǎng)絡的EC年齡標準化發(fā)病率為18.3 / 10萬女性成員（NCIN，2013; Gynae Clinical Network Constitution，2014-2015）。 （c）由國立衛(wèi)生研究院，人子宮內膜組織和DNA銀行開發(fā)的用于收集，運輸和儲存子宮內膜組織和進行子宮內膜活檢或子宮切除術的非惡性指征的女性血液樣本的標準操作程序（Sheldon等，2011）。 （d）英國生物庫公布的收集尿液和血液樣本的樣品處理和儲存方案（Elliott等，2008）。英國生物樣品庫是維康信托，醫(yī)學研究理事會，衛(wèi)生部，蘇格蘭政府和西北地區(qū)發(fā)展局成立的國家和國際重要衛(wèi)生資源。

其主要目的是改善癌癥，心臟病，中風，糖尿病，關節(jié)炎，骨質疏松癥，癡呆等許多疾病的預防，診斷和治療。

二次區(qū)域/國家磋商。上述三種形式的修改版本和上述SOP在聯(lián)合王國參與歐共體研究的三個區(qū)域和八個國家研究中心之間傳播，形式修訂整合了其反饋，結果是兩種不同的工具，一種是最小的和一種開發(fā)了標準工具。這種務實和包容性的方法為考慮可用資源收集最小或理想的“標準”數(shù)據(jù)集提供了指導。

第三次歐洲咨詢。然后將修改后的表格分發(fā)給所有堅持歐洲子宮內膜癌個性化治療網(wǎng)絡（ENITEC）的研究人員，并根據(jù)收到的反饋進一步修訂。修訂的工具在2016年6月的年度ENITEC面對面會議上提出，最小形式得到所有47名與會者的一致通過。對標準工具進行了一些進一步修改，并作了相應修訂，修訂后的表格重新填補了所有參加第1-3次磋商的情況，得到最后的批準。

達成共識。 共識一代修改后的Delphi系統(tǒng)被用于對最終的修改工具產(chǎn)生共識。為此，將這些表格傳播給代表所有前幾輪所有利益相關者的一組選定小組成員，包括患者，

婦科腫瘤學家，研究人員，病理學家和生物工作人員，從咨詢參與者（n = 40）隨機選擇使用記錄他們的協(xié)議的評分表評估和評分工具。

統(tǒng)計分析。使用修改的德爾菲技術對共識進行了量化，我們已經(jīng)報告了中位數(shù)為四分位數(shù)范圍，并且還有Likert量表的每個類別的百分比。使用了九分李克特量表，除了患者數(shù)據(jù)工具，其量表減少到五點，以減少患者的復雜性。

結果

本研究的最終工具是ECPD收集工具。我們設計了一種耐心友好的數(shù)據(jù)收集工具（EC患者數(shù)據(jù)（ECPD））來捕獲與EC研究直接相關的許多重要人口統(tǒng)計學變量，只能由患者自己準確回憶。例如，現(xiàn)有的文獻表明420 kg與EC增加風險獨立相關的成人體重增加（Friedenreich et al。，2007）和這種信息不可能直接從患者身上獲得。 EC的許多其他危險因素，如介紹年齡，絕經(jīng)后狀態(tài)，多囊性卵巢疾?。‵earnley等，2010），無效性（Schonfeld等，2013），月經(jīng)初潮（Gong等，2015），家庭遺傳性疾病綜合征性癌癥的歷史（Boilesen等人，2008），過去的疾病綜合征相關癌癥病史，糖尿病等醫(yī)學病癥（Friberg等，2007），先前使用他莫昔芬（Bergman等，2000），激素替代療法使用（Beral等人，2005年）和運動習慣已被納入該工具。目前還有一些其他因素與目前的EC（如Lindemann等人，2008）沒有任何聯(lián)系，因為他們在今后的研究中肯定了這一點。表1和圖2說明了最后一輪協(xié)商一致的結果。 

ECPD中每個問題的得分使用Likert量表獲得，Likert量表評估可接受性和可用性（n = 10）。在小組成員中，只有2％在社會歷史部分的問題清晰度方面未定，總共98％的患者同意該工具易于使用。

ECSD收集工具。 EC手術數(shù)據(jù)（ECSD）工具包括突出的人口統(tǒng)計學，組織學和術前/術后特征。包括人體特征如體重指數(shù)（BMI）。選擇身體質量指數(shù)代替腰臀比或腰圍，因為其普遍使用和重現(xiàn)性。盡管所有人體測量（BMI，腰臀比，腰圍和臀圍周圍）都被發(fā)現(xiàn)與EC風險增加密切相關（Friedenreich等，2007），腰臀比或腰圍的準確數(shù)據(jù)需要額外的努力使用醫(yī)療團隊相同的參考點，因此準確的數(shù)據(jù)收集不可能普遍可行。在最近的一項研究（Painter等，2016）中，BMI被發(fā)現(xiàn)是一個因素，與EC與腰臀比相關。術前成像細節(jié)有助于評估局部擴散和排除遠處轉移。子宮內膜活檢和最終組織學結果之間的差異已被證明與較差的生存結果相關（Werner等，2013）;因此，術前活檢結果很重要。與結果相關時，手術后的分期細節(jié)，包括手術結果和最終組織病理學細節(jié)是重要的。免疫組織化學生物標志物可用于區(qū)分卵巢癌，子宮頸癌或其他惡性腫瘤，但重要的是與臨床預后相關的預后生物標志物（Li等，2013; Kamal等，2016）。以標準方式與生物樣本一起收集的信息自然會增加生成數(shù)據(jù)的內部和外部有效性。應定期更新患者資料，包括隨訪和準確記錄死亡原因，直至完成標準隨訪期（3年（至少）或5年，視當?shù)貙嵺`而定）。表格分為三個部分：

            （1）手術資料：收集樣本時完成。

            （2）組織病理學細節(jié)：最終分期治療后完成。

            （3）結果數(shù)據(jù)：在隨訪期間記錄，最后在隨訪結束時記錄。

 

最終共識的結果如表2和圖2所示，其中我們用四分位數(shù)范圍計算了中位數(shù)。所有小組成員的小組成員之間達成了高度的一致意見，但一些答復者認為有關歷史，先前活檢細節(jié)和樣本收集細節(jié)的部分不相關。總體來說，96.25％的小組成員同意該工具的不同方面（補充圖S1）。

EC生物樣本工具。收集方法和生物樣品庫條件（處理和儲存）的變化可能改變生物標志物分布的分子組成，表達和穩(wěn)定性（Zander等，2014）; 因此，一致性和嚴格遵守標準操作程序至關重要（Moore等，2011）。因此，具有臨床生物樣品庫應用經(jīng)驗和知識的生物工作人員參與了生物樣本形式的設計，修訂和獲得最終共識。只有少數(shù)受訪者認為形式的組織處理（子宮和宮外）部分難以理解，而所有受訪者都同意所有其他部分的相關性和清晰度?？傮w來說，這個工具的不同方面達成了94％的協(xié)議。詳細結果如表3，圖2和補充圖S1所示。

用于EC研究的組織和液體的收集，加工和儲存的標準操作程序。 EC研究中研究了不同組織類型（子宮和宮外）和體液類型。這些生物樣本的常規(guī)研究可能涉及使用蛋白質組學，基因組學和代謝組學等多種技術提取待評估的蛋白質，RNA和DNA。最終的SOP設計合并了許多可用的單獨的詳細方法方案（例如，用于離心，過濾，添加防腐劑以及儲存溫度）。從生物庫獲得這些信息將使科學家能夠準確地解讀其數(shù)據(jù)，例如檢查血液，組織，子宮內膜液或抽吸物等樣品的代謝特征，并自信地檢測疾病特異性變化，特別是在多中心研究中（Assfalg等人，2008; Bernini等人，2009）。檢查激素的研究與子宮內膜有重要關系，除了傳統(tǒng)的血液樣本之外，還有一些研究人員研究了非侵入性標本，包括唾液和尿液（Shirtcliff等，2001）。非侵入性測試對臨床研究特別有興趣，未來工作預計將更多地集中在他們身上。

關于用于EC研究（SOP-ECBS）的組織和液體的收集，處理和儲存的標準操作程序的最終一致意見的結果細節(jié)如表4和圖2所示。關于用戶的一般性協(xié)議友好和工具的相關性。少數(shù)小組成員回答說，為了清楚起見，可以進一步修改組織和血液收集細節(jié)?？傮w上，83.75％的小組成員同意，8.75％未定，7.5％不同意這一工具的不同部分。

討論

我們已經(jīng)開發(fā)了以證據(jù)為基礎的標準數(shù)據(jù)收集表格ECPD，ECSD（最?。?，ECSD（標準）和SOP-ECBS，包括所有利益相關者在EC癌癥生物樣品庫中的參與和批準。最終的工具被一個大型的多學科評審小組批準，達成一致后（見補充圖S1），它們作為補充信息公布在這個開放存取手稿中。因此，他們將免費向國際上所有的歐盟研究人員提供。這些工具提供了一種減少收集數(shù)據(jù)中的混雜因素并促進更大型多中心研究的方法。

我們選擇要收集的確切信息是基于對最佳現(xiàn)有證據(jù)的批判性評估。沒有公開證據(jù)的地方，考慮了專家意見和較大生物庫的SOPs的咨詢。處理血液的離心速度就是這樣一個例子。

我們使用了一種修改后的德爾菲技術，該標準技術具有多項改進，包括多輪反饋，允許相同的小組成員重新評估或重新考慮初步判斷，參與者匿名性，受控反饋和統(tǒng)計分析以解釋輪次之間的數(shù)據(jù)。以前已經(jīng)使用了與原始德爾福系統(tǒng)相似的變化，例如限制專家對專家組的原始問題和變更的響應能力以及改變終點的能力（Thompson，2009）。

對于我們的研究目的，反復使用同質小組是不合理的，原因如下。我們的努力是為不同的終點產(chǎn)生單獨的形式，例如患者數(shù)據(jù)收集，手術數(shù)據(jù)收集，組織處理信息和標準手術程序。這些明顯需要不同背景的小組成員，具有不同的專業(yè)領域，因此我們的小組成員不是一個同質的組織。

與經(jīng)典技術的主要偏差是咨詢輪次數(shù)和終點數(shù)。我們的前兩輪是描述性的，以產(chǎn)生不同專家組的意見和想法。我們包括他們的反饋，以產(chǎn)生最終的表格和SOP。在最后一輪的協(xié)商一致意見中，我們向每個小組成員分發(fā)了一張表格，并附上表格，評估他們與最終工具的協(xié)議。我們的最后一個小組包括所有以前小組參與的利益相關者。通過對從第三輪和最后一輪獲得的數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析觀察到的高比例的協(xié)議排除了進一步的共識輪回的需要。

更詳細的是，標準化的手術數(shù)據(jù)收集將可以全面評估外科表型數(shù)據(jù)與治療結果之間的關系，我們強烈建議使用標準而不是最小的ECSD工具。但是，如果無法保證大量數(shù)據(jù)或樣本的收集或質量，則應采用最小集合。我們計劃通過反饋和未來文獻綜述獲取的信息，定期更新這些工具，最初是每年5年，之后5年。在我們的舉措范圍內的未來考慮包括建立一個國際資助的基于網(wǎng)絡的中央數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，允許自愿將信息存儲在全球范圍內的歐洲研究組織研究人員收集的所有生物樣本信息中。我們認為，這種方法可以降低各個單位的成本和時間，同時增加生成的數(shù)據(jù)的可信度，并為更新的協(xié)作提供一個透明的通用平臺。

“分子病理流行病學”（MPE）整合了病理學和流行病學，以了解影響癌癥發(fā)生，進展和治療反應的外源性和內源性因素之間的相互關系。它是癌癥研究中不斷發(fā)展的領域（Ogino和Stampfer，2010）。還開發(fā)了統(tǒng)計學方法來考慮分子病理學和流行病學，以確保具有高臨床影響的新發(fā)現(xiàn)。然而，與傳統(tǒng)的分子生物學研究（Hughes等人，2012; Campbell等，2017）相似的類似挑戰(zhàn)，包括選擇和回憶偏倚，測量誤差和錯誤分類，這些高度影響的MPE研究的產(chǎn)生受到阻礙。組織檢索率和樣本量的變異性導致隨機和非隨機選擇偏倚，導致效應估計與寬置信區(qū)間和出版偏倚的巨大差異（Ogino等，2011，2016）。 EC生物庫使用我們的工具將提供一種手段，簡化從表型良好的患者中收集大量標準化的質量保證材料。這將反過來促進充分動力的研究，提供高臨床影響，同時也促進在可接受的時間范圍內可達到的高質量研究。